The Legend Of Zelda : The Wind Waker reprend l'histoire de Link, un jeune garçon âgé de 12 ans, il est le descendent du héros du vent (contrairement à Ocarina Of Time où l'héros contrôle le temps).
Il va devoir affronter de multiples périples pour délivré sa sœur de la Forteresse Maudite. Puis finalement sauver le Royaume d'Hyrule de l'emprise des ténèbres.